银河历76000年，在遥远的M31仙女座星系，黑暗魔王操纵黑暗军团发动了侵略战争，击败了星系联盟，占领了大部分行星，并且摧毁了仙女座星系核心能量源，能量源爆裂成无数块超级能量晶核，散落在宇宙各处。随着能量源渐渐熄灭，曾经的美丽的星系即将沦入无尽的严寒与黑暗之中，星系上的一切都进入永恒的冰封期，但在能量熄灭的瞬间，千钧一发之际，星系间的国家紧急开启“沃瑞安之盾”保护最后的能量晶核，并且联合启动「超级时空漩涡」，将黑暗魔王卷入黑洞中不知所踪。

经历了漫长的战争，仙女座星系也慢慢耗尽了能量，行星被强辐射的暗能量覆盖，已经不再适合生存，幸存的人进行公决，最终决定开启“方舟计划”，派出宇宙探索小队，寻找散落在宇宙各处的超级能量晶核用来重建家园。经过几代人的努力，宇宙探索小队不断穿梭宇宙间寻找超级能量晶核，仙女座星系逐渐恢复昔日的荣光，曾经被战争摧毁的文明也渐渐恢复。

经过科学家的探测，距离星系约254万光年的地球，存在有散落的超级能量晶核，于是宇宙探索小队再次出发，寻找能量晶核。宇宙探索小队通过空间跳跃，来到了太阳系并降落到了地球。